隨著工業(yè)化、城市化、化步伐的加快，水環(huán)境問題已成為制約我市經(jīng)濟(jì)社會又好又快發(fā)展的瓶頸因素。主要表現(xiàn)為：一是污染源排放量超過水體納污能力。目前，我市排入水體的現(xiàn)狀污染物量大于水體納污能力，造成地表水水質(zhì)總體情況不容樂觀，主要原因是污水處理廠處理率低（僅為65.4％）和工業(yè)污染物排放量大。二是飲用水源地水質(zhì)得不到緩解。夾江水源地是我市主要的水源地，目前直接排入夾江水源地的污染源自西南向東北就分布有：紅旗泵站、黑橋泵站、下圩西泵站、下圩東泵站、解放閘泵站、龍窩泵站，這些排污泵站將河西地區(qū)的仍有部分未截入污水管網(wǎng)的污水排入夾江。隨著江北開發(fā)的推進(jìn)，浦口水源地的水環(huán)境保護(hù)工作任務(wù)也日趨艱巨。三是秦淮河缺乏統(tǒng)一治理。近年來秦淮河水質(zhì)已經(jīng)受到一定程度的污染，秦淮河上下游共同治污問題尚未統(tǒng)一協(xié)調(diào)。
為解決上述問題，有關(guān)專家建議：
一、控制污染物總量。以水環(huán)境功能區(qū)為單元，測算出每個水環(huán)境功能區(qū)的污染物削減量，對重點功能區(qū)，例如：南京的夾江水源地周邊區(qū)域?qū)嵭袊?yán)格的總量控制措施，對于工業(yè)源，采取治理、整改甚至關(guān)停措施，對于生活源則要限期建設(shè)污水管網(wǎng)，將生活污水截走，對上游流域污水要采取綜合治理措施，并從立法、執(zhí)法等方面實行有效監(jiān)管，將污染物控制落實到實處。
二、保障飲用水源地水質(zhì)安全。充分考慮我市實際，科學(xué)合理制定水源地劃分，分別制定飲用水源地環(huán)境保護(hù)對策；嚴(yán)格實行污染物總量控制，將排污總量指標(biāo)分解到所有入河排污口；設(shè)置排水通道及引水通道，新辟秦淮河入江通道，由秦淮新河引水，經(jīng)運(yùn)糧河，向東十里長溝或九鄉(xiāng)河排水，既可減輕排水水質(zhì)對夾江水源地的影響，又可增加?xùn)|十里長溝或九鄉(xiāng)河的水資源補(bǔ)給量。
三、實施秦淮河統(tǒng)一治污。秦淮河上、中、下游的開發(fā)要在污染物總量控制下進(jìn)行，嚴(yán)格禁止上游重污染化工企業(yè)的生產(chǎn)，為中游污水處理廠尋找合適的排水通道，在中、下游合適的地點建設(shè)濕地公園有效攔截上游進(jìn)入南京主城區(qū)的污染物質(zhì)。